辫子军不堪一击，清室复辟最终沦为一场闹剧，“讨逆”成功后冯玉祥复任第十六混成旅旅长。段祺瑞主政后即开始推行其“武力统一”的策略，为了尽快完成统一，皖系出兵湖南，并派冯玉祥由廊坊开往福建，来进攻广东的陆荣廷。冯玉祥南下抵达浦口，便不再前进，因为他的舅舅兼老上司陆建章已经在江苏倡导主和。1918年2月14日，冯玉祥在武穴发出通电宣布独立，并且痛斥南北战争是“无意识和最无情理”的战争，他宣扬南北和谈，并以岳州归湖南、襄阳归湖北为基础，“或罢兵，或杀玉祥以谢天下”。当时便有传言此事是陆建章在幕后筹划的，是故才会牵扯出日后徐树铮在天津杀陆建章，而冯玉祥与徐树铮之间的恩怨便已在此时结下。
但是冯玉祥的主和声音并未得到“长江三督”和其他主和军阀的响应，因此陷入孤立无援的境地，最终还是在冯玉祥部全体官兵的呼吁和曹锟的斡旋下，才不予追究，冯玉祥只好率部攻取常德。6月，陆建章在天津被徐树铮杀害，皖系为了安抚正在前线的冯玉祥，任命其为湘西镇守使。此后曹锟坐上直系头把交椅，就联合“长江三督”主和，在直系的胁迫下，皖系勉强同意停战。随后直皖矛盾加剧并最终破裂，直皖战争中直系取得胜利，“西北王”徐树铮逃亡上海，直系乃决定以曾率兵在陕西驻防的冯玉祥署理西北。1921年8月，冯玉祥出任陆军第十一师师长，调往西北，署理陕西督军。