由于清党原则所定清党对象十分宽泛，加之所谓“腐化”、“恶化”的含义又十分模糊含混，给实际清党工作带来极大的困扰。国共合作之际，共产党在国民党内的党团组织活动是秘密进行的。除少数中共要人外，绝大多数跨党的中共党员和青年团员的身份并未公开。当蒋介石“清党”令下，除少数已暴露的“共党首要分子”外，要从号称百万国民党党员中分辨出谁是共产党，谁是“纯粹”的国民党员，实在不是一件容易的事。据张国焘回忆，陈立夫曾在抗战时期的一次会议上追述清党情形时谈到，清党时最大的困难，是分不清谁是共产党，谁又不是共产党，他于是想出一个办法，在各地召集国民党大会时，要左倾的站在左边，其余的站在右边，然后要他们相互打起来，这样站左边的受到了应得的惩罚。张国焘这段带有几分传奇色彩的忆述，竟在陈立夫晚年回忆录中得到了印证。陈在回忆录中写道：“吴倚沧、我哥哥和我最关心的是如何找出谁是共产党，因为，中国共产党从来没有将他们党员名单交给我们过，因此，我们根本没有办法分辨谁是共产党，谁是‘纯粹’的国民党员……我告诉吴倚沧，唯一可做的就是打斗，因为一打了起来，国民党和共产党两边的人自然就会分出鸿沟来。”