轩辕决定前往涿鹿（今徐州市）讨伐蚩尤。他征调了许多诸侯的部队，拉出熊、罴（pí）、狼、豹、（chū）、虎六支部队作为前锋，竖起各个部落的旗帜以壮声势。蚩尤请来巫祝作法，大雾三天三夜，弥漫战场。九黎部落的士兵身披铠甲，手持刀斧，将轩辕的军队冲杀得七零八落，轩辕的军队损失惨重。
轩辕的大臣风后在北斗星的启示下，发明了指南车，部队得以冲出大雾。而后，轩辕下令应龙作法，想用大水淹没蚩尤军队于涿鹿之野，蚩尤也请来风伯雨师兴起大风雨。一时之间，战场上风雨大作，轩辕部队的甲胄又湿又重，寸步难行。蚩尤的部队常年在南方，早就习惯了下雨的环境，立马脱了铠甲换上蓑衣，身形更加矫健。轩辕赶紧请来天女魃（bá）止住风雨，天气突然转晴，蚩尤的部队来不及更换铠甲，被打得七零八落。应龙一马当先，冲进敌营杀了蚩尤。
蚩尤之死震惊天下，天下再没有人敢兴起战争。轩辕便取代了神农氏成为新天子，大家认为他具有土一样的德行，因此号称他为黄帝。黄帝挑选有才能的人分官任职，构建了职官制度；同时推行井田制，让天下百姓有田可耕；又大力发展文化科技事业，留下了很多发明创造。比如黄帝的妻子嫘（léi）祖，就发明了养蚕；另一位大臣仓颉（jié），则发明了文字。