萧衍的哥哥萧懿在赶赴建康途中，听到战乱的消息。他不像绝大多数官员那样观望，而是立刻组织军队，带兵驰援建康，并在一天黎明时分攻入建康。崔慧景谈了一夜玄学，毫无准备，结果被杀得一败涂地。崔慧景被杀，萧宝玄藏匿了起来。
官兵搜集了朝野官员投靠萧宝玄、崔慧景的信件，萧宝卷下令全部烧掉，还说：“江夏王尚且如此，怎么能罪及他人呢？”萧宝玄误以为萧宝卷要宽大处理，躲藏了几天后就出来自首。萧宝卷召他入后堂，用步鄣裹着他，命令随从、侍卫数十人敲鼓吹号驰绕其外，冲着萧宝玄喊：“前几天你围城的时候，我就像这样。”没几天，萧宝卷也把萧宝玄杀了。
这一次拯救萧宝卷，完全是萧懿的功劳，萧懿是乱世中少有的忠臣。在平灭崔慧景之乱后，他获封尚书令，掌握朝政。萧衍得到兄长入援建康的消息后，立即派人劝他，得胜之后要么随即废黜昏君，要么率兵出屯外地避祸，千万不可以留在建康。但萧懿忠于齐室，断然拒绝了弟弟的好意。
萧衍的预感很准确，很快萧宝卷就对萧懿动了杀心。宫廷中的一帮小人也一再怂恿萧宝卷不要将朝政委托给萧懿。有好心人在长江边准备小船，劝他逃往襄阳萧衍处。萧懿事先知道危险的来临，却大义凛然地说：“哪有尚书令逃离朝廷的？人生谁能无死，我不走。”结果，他在宫中从容接过萧宝卷赐的毒药自杀。自杀前，萧懿还对萧宝卷说：“我弟弟萧衍现在驻兵襄阳。听到我的死讯，可能会做出对朝廷不利的举动来。我替朝廷担忧啊。”萧宝卷觉得有道理，斩草要除根，萧懿的兄弟不能留，于是下令将萧懿族诛。好在萧家兄弟们不都像萧懿一样愚忠，得知危险后早早躲藏了起来。除一人被捕遇害外，萧懿其余的兄弟子侄都避匿在百姓家里。老百姓们恨死了萧宝卷，不仅没有人告发，还给予萧家子弟很好的保护。