永历二年（清顺治五年）戊子正月，郝永忠出壁兴安。永忠，闯贼左营也，前在桂林，与焦兵不相能，式耜调和之，始得其用。及壁新安，有江西进士萧琦，式耜令永丰时所得士也，为人佥壬，以礼垣骤跻司马。时居永忠营，百计媚之，遂言桂林富饶，留守殷厚，趣永忠赴阙。因声言清师劫营，即撤兵西上。
二月二十二日，郝兵抵桂。左右趣帝迁跸。式耜曰：“不可。督师警报未至，营夜惊，无大恐。二百里外风尘，而遽使驾露处耶。播迁无宁日，国势愈弱，兵气愈难振，民心皇皇复何依？潮回波逝，虽长年三老能逆挽其戈哉？”左右禁近益周章不止。式耜请曰：“无已，候督师归。果急，甲士正山立，观兵督战，咫尺威严。劝激将士，背城借一，胜败未知。若以走为策，桂城危，柳又不危乎？彼今日可到桂，明日独不可到南大乎？”反复数百言。帝曰：“卿不过欲朕死社稷耳。”式耜泣下沾衣。严起恒曰：“迟至厥明且议之。”
是夜，永忠斩关而入，劫帝于寝，裸体置之城外。马吉翔为帝具袍服幞被而行。永忠乃缚百官，劫其资财，纵兵淫掠。
焦琏遣人谓式耜曰：“强敌外逼，奸宄内哄，势不两全。愿移师至桂，保公出城。驻兵城外，俟永忠城中乏食，必外掠，即统兵四面击杀。不过数日，而贼兵可尽。然后以全为保障，以梧为门户，协力守粤，事可万全。”式耜以治兵相攻，恐伤百姓，且虑敌骑捣虚，不听。